Научноистражувачката дејност на Заводот за цитологија, хистологија и ембриологија (проф. д-р Ирена Тавчиовска-Василева, проф. д-р Маја Јорданова, доц. д-р. Катерина Ребок и техничките соработници дипл. мол. биол. Лозенка Иванова и дипл. инж. биол. Круне Блажевски) се одвива главно во насока на интродуцирање на цитолошките, хистолошките и хистопатолошките биомаркери во еколошките мониторинг студии со користење на рибите како биоиндикаторски организми.
Посебно внимание е посветено на ефектот на загадувањето врз здравствениот статус на рибните популации во различни водни екосистеми преку следење морфолошки, хематолошки и хистопатолошки показатели. Поконкретно, како индикатори за генералното здравје на рибите во истражувањата на овој Завод се користат кондицискиот фактор и органосоматските индекси. Преку хематолошките истражувања се следи генотоксичното влијание на разни загадувачи врз рибната популација со примена на цитолошки биомаркери, односно со примена на тестот микронуклеус и нуклеарните абнормалности во еритроцитите од периферната крв кај рибите. Хистопатолошките истражувања се однесуваат на хистолошка анализа и детекција на разни патолошки промени ‒ ткивни лезии, главно во висцералните органи кај разни видови риби, од кои посебен акцент е ставен на гонадите, црниот дроб, слезината и бубрезите. Исто така, посебно внимание е посветено на оогенезата и сперматогенезата кај одделни видови риби. Притоа, следени се и сезонските промени во текот на репродуктивниот циклус на светлосна и електронска микроскопија.
Во рамките на научноистражувачката активност на Заводот за цитологија, хистологија и ембриологија, во изминатиот 10-годишен период реализиран е 1 билатерален научноистражувачки проект под раководство на наставниот кадар од Заводот, публикувани се 37 научни трудови, од кои 8 во домашни и 29 во странски научни списанија. Резултатите се презентирани во 45 научни соопштенија на научни собири и конгреси во земјата (16) и во странство (29).