Основна истражувачка насока на Одделението за хидробиологија, систематика и биотехнологија на алгите (проф. д-р Светислав Крстиќ, проф. д-р Златко Левков и техничките соработници дипл. биол. Данијела Митиќ-Копања и дипл. екол. Славица Тофиловска) е таксономијата и систематиката на алгите, првенствено на групите Bacillariphyta (силикатни алги, дијатомеи) и Cyanophyta (сино-зелени алги, цијанобактерии), во пресноводните екосистеми. Значително внимание се посветува на екологијата, палеоекологијата, биогеографијата и еволуцијата на алгите.
Апликативната алгологија зазема посебно место во научните проекти, поради што Одделението е прво во регионот што ги воведе биомониторингот на водените екосистеми преку алгите, примената на дијатомеите во судско-медицинската експертиза на давење, детекцијата на токсичен „воден цвет“, причините за еутрофикација и полуција (посебно со тешки метали) и нивното влијание врз алгалните популации, имплементацијата на WFD во Македонија, природните и антропогено условени сукцесии на алгите во однос на вкупниот биодиверзитет и еколошката валоризација на екосистемите. Во последно време интензивно се воведуваат биотехнолошките методи на култивација на алгите, посебно во однос на еколошки значајните сино-зелени токсични форми и екстремофили заради детекција на нивните секундарни метаболити, како и на дијатомеите за утврдување на биолошките и еволуциските карактеристики на ендемичните и таксономски несигурните групи. Палеоеколошките истражувања се насочени кон утврдување на одговорите на силикатните алги во геолошки старите езера (Охридско и Преспанско) кон климатските и еколошките промени.
Лабораторијата за хидробиологија, систематика и биотехнологија на алгите формирана во 2000 година делумно е опремена за базични анализи на физичко-хемиските особини на водените екосистеми, колектирање, подготовка и култивирање на алгите, како и за хидробиолошки теренски истражувања.