Основна научна преокупација на Одделението за систематика и филогенија на вишите растенија и фитогеографија со фитоценологија (проф. д-р Владо Матевски, проф. д-р Митко Костадиновски и доц. д-р Рената Ќуштеревска) претставува истражувањето на флората и вегетацијата на Република Македонија и јужните делови на Балканскиот Полуостров.
Истражувањата се реализирани во рамките на повеќе домашни и меѓународни проекти. Досега се издадени 6 свески од I том на едицијата „Флора на Република Македонија“, во која се обработени ликоподиумовите растенија, членестостеблените, папратите, голосемените и групата Choripetalae од скриеносемените растенија, како и првата свеска од II том, во која се опфатени дел од фамилиите на групата Sympetalae. Резултатите од таксономските, фитоценолошките и фитогеографските истражувања од флората на Република Македонија се објавени во повеќе меѓународни и домашни списанија. Паралелно со флористичките истражувања, во последните десетина години се реализирани и фитоценолошки истражувања на ливадите и на брдските пасишта во повеќе региони во Република Македонија (Мариово, Козјак, Плетвар, Сивец, Барбарас, Баба Сач, Лубен, Суво Поле, околина на Велес, Криволак, Галичица и други). Посебно внимание е посветено на меѓународната соработка на членовите од Одделението, особено со Биолошкиот институт „Јован Хаџи“ при ЗРЦ САЗУ, Љубљана, во чии рамки се реализирани или се во фаза на реализација 3 проекти. Во нив се истражувани различни фитоценолошки проблеми што се однесуваат на вегетацијата на едногодишните растенија во транзициската зона помеѓу Евросибирската-Северноамериканската регија, споредување на секундарната грмушеста вегетација во континенталниот и медитеранскиот дел на Балканскиот Полуостров, синтаксономска анализа на пасените терофитски заедници по напуштени ниви во Македонија и во Словенија.
Истовремено со сите наведени истражувачки активности, постепено се збогатува хербариумската збирка, која во 2009 година е заведена како Macedonian National Herbarium (MKNH) и денес брои над 171.500 хербариумски ексикати.