Од 1946 година, на Одделот за биологија, во рамките на Филозофскиот факултет, до 1951 година теоретската и практичната настава била изведувана во зградата на тогашниот Природно-научен музеј во Скопје. Во учебната 1951/52 година, Природно-математичкиот факултет бил сместен во зградата во која се наоѓа и денес. Теоретската настава се изведувала во 1 амфитеатар и 2 предавални. Со развојот на научноистражувачката и наставната дејност на Институтот следи и отворање и проширување на лаборатории за истражувања и изведување на практичната настава. Денес, Институтот за биологија својата наставно-научна дејност и активност ја изведува во просториите на зградата на Природно-математичкиот факултет, како и во приспособениот дел од Ботаничката градина.
За изведување на студиите по биологија, Институтот располага со амфитеатри (2), предавални (2), лаборатории за изведување на практичната настава (8) и лаборатории за научноистражувачка работа (14). Во рамките на Институтот се наоѓаат и дополнителни простории за наставно-научна работа: ботаничка градина, аквариум, лаборатории за одгледување на експериментални животни, клима-комора за одгледување на растителни култури, инсектариум, хербариум, херпетолошка збирка, миколошка збирка, компјутерска училница и библиотека. Теоретската настава на Институтот за биологија ги следи современите наставно-образовни процесии и се одржува во амфитеатри и во нови предавални опремени со компјутери и проектори, како и во нова компјутерска училница со 15 работни места. Практичната настава се изведува во лаборатории од различни области на ботаниката, зоологијата, физиологијата и биохемијата, кои во последната деценија се реновирани и современо опремени.